POP3 et IMAP sont deux protocoles de messagerie différents, qui servent à relever vos emails. Vous utilisez surement actuellement l'un ou l'autre. Chacun de ces protocoles a des caractéristiques particulières dont vous devez tenir compte pour utiliser de manière optimale votre compte email.
POP3 va systématiquement télécharger tous vos nouveaux messages localement sur votre ordinateur, puis généralement les supprimer du serveur. Cela va libérer de l'espace pour les nouveaux messages, ce qui peut être intéressant si vous disposez de peu d'espace. Les messages arrivent l'un après l'autre. Si vous avez 50 nouveaux messages, vous devez tous les télécharger pour accéder au 50ème.
Si vous relevez vos mails d'un autre ordinateur, vous n'accéderez qu'aux messages encore stockés sur le serveur (c'est à dire les nouveaux seulement).
Les brouillons et les messages envoyés ne sont pas stockés sur le serveur, vous ne pouvez donc pas les partager entre deux ordinateurs.
IMAP fonctionne différemment: Il va d'abord demander uniquement les en-têtes de tous les nouveaux messages (ce qui va assez vite), puis va demander en arrière plan le contenu des messages. Vous pouvez ainsi accéder directement à n'importe quel message. Les messages restent stockés sur le serveur jusqu'à leur suppression, ou leur déplacement vers un dossier d'archive sur votre disque dur. Vous pouvez donc utiliser un client sur un terminal mobile (iPhone, Blackberry, etc) pour regarder vos messages en déplacement, ainsi que tout message actuellement sur le serveur.
Vous pouvez créer différents dossiers sur le serveur pour classer vos mails en cours de traitement. Vous pouvez également créer des filtres pour ranger le courrier entrant automatiquement dans certains dossiers (via le Webmail, ou via votre client si il supporte le protocole ManageSIEVE).
Il faut néanmoins penser à archiver (retirer du serveur) de temps en temps les mails les plus vieux pour conserver de l'espace pour les nouveaux messages. Certains clients proposent cette fonction automatiquement de temps en temps.
Si vous utilisez votre compte mail depuis un seul poste, vous pouvez préférer la méthode POP3. Néanmoins, aucun message ne survivra à une défaillance de votre disque dur si vous n'avez pas fait de sauvegarde.
Si vous utilisez votre compte mail depuis plusieurs endroits, vous devriez sûrement utiliser IMAP. Vos messages les plus récents seront ainsi partagés entre tous ces ordinateurs.